ppi网络,PPI筛选hub基因

ppi网络构建的注意事项 2023-11-29 12:12 190 墨鱼

ppi网络构建的注意事项

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4.PPINetwork1.STRING(https://cn.string-db/)(1)选择左侧"MultipleProteins"，将药物和疾病靶标的交集复制到"ListOfNames"，"Organisms"选项选择PPIPPI(Protein-Proteininteraction)，蛋白质-蛋白质相互作用。网络图中的节点代表蛋白质，线条代表两种蛋白质之间的关系。蛋白质是基因表达的产物。通过了解蛋白质分子之间的关系

∪▂∪ 关注生物科技文章的朋友应该经常会发现，通过构建蛋白质相互作用（PPI网络）来筛选hub基因，所以不得不使用STRING数据库。作为一个综合数据库，STRING数据库用于蛋白质相互作用网络研究。将出现一个简单的PPI网络图。您可以单击更多或更少来控制节点数量，或在设置中设置特定的过滤标准。第四个TSV文件可以导入到Cytoscape中。我们下载该文件，然后继续。

构建PPI网络通常需要使用字符串数据库来获取蛋白质相互作用信息并将相互作用网络可视化。我们来探索一下STRING数据库网页和R语言的使用版本：STRING数据库官方网站：STRINGV11.5R包：BioconductoPPI网络是由生物体中多种蛋白质之间的相互作用组成的网络。每个节点代表一个蛋白质分子，边描述其与其他蛋白质的相互作用。在构建PPI网络时，通常需要进行蛋白质相互作用实验，

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标签： PPI筛选hub基因