gro文件top文件,db2top命令详解

gro文件top文件,db2top命令详解

Gromacs模拟基本过程gmxgenion-s*.tpr-o*.gro-p*.top-pname*-nname*-nn*-s:将上面生成的pr文件作为输入-o:生成新的结构文件-p:再次更改top文件以反映蛋白质结构的变化-pname:指定

?ω? 1.准备相关文件（建模）：.pdb.gro.mdp.tpr.top.itp2.运行模拟系统（运行程序）并获取：简单说明：.pdb文件：这是系统的初始阶段。众所周知，Gromac具有三个主要输入文件.gro.itp(.top).mdp，因此您需要获取.groand .top文件通过pdb文件并在终端中按顺序输入gm。 编辑conf-fwater.pdb-owater.gro-c-d1.0-btcubic1gmxx2t

运行输入文件TPR文件分子动力学模拟最后一步的输入文件运行输入文件(.tpr)，二进制。 内容包括模拟的初始结构、分子拓扑和所有模拟参数。 使用Grompp程序连接通过右键单击分子结构文本生成的新条目，选择保存坐标选项，然后选择保存为gro文件。 名为dcnt664.gro。具体含义可以在李老师的博客上找到。 具体方法：完成力场校正后，我们使用以下命令

╯＾╰〉 此时，文件夹中会生成top文件和gro文件。本例中，配体分子名称为MOL，因此生成的文件名为"MOL_GMX.top"和"MOL_GMX.gro"。 MOL_GMX.top文件也需要修改。由`grompp`&`mdrun`生成的[默认]和symolecule.gro文件（待续md.logmd.tprmd.xtc&md.trrmd.cptmd.edr​​molecule.itp(5.7.2)有时，为了方便使用通用分子

准备好蛋层文件，Uplevel和Downlevel分别是鸡蛋的上层和下层，结构相同，都是双链_A和双链_B.gmxpdb2gmx-fdownlevel.pdb-odownlevel.gro-pdownlevel。 topgrofile：包含原子、残基名称、数字、坐标、速度等信息（转换结构文件的方法pdbtogro：vmd转换，李继存老师的小工具（主要用于opls）aamodeling），openbabel（未经测试，仅x